Elindult a börtönmisszió is. Ennek egyik bizonyságaként íródott Vitéz Csia Sándor dr. dokumentum könyve a „Bankrablóból Krisztus bizonyságtevője” címmel. Sajnos a háborús hisztéria miatt 1939-ben több más evangéliumi gyülekezettel együtt, az Élő Isten Gyülekezet működését is betiltotta az államhatalom.A betiltás időszaka alatt házaknál és a budai erdőkben titokban tartott istentiszteleteken élt tovább a gyülekezet. Az üldöztetés éveiben sokan tettek bizonyságot Jézus Krisztusba vetett hitükről, vállalva a börtönbüntetést is.Baumann Béla testvér Kassán a statáriális bírósági tárgyalást követően csak a Jó Isten csodálatos gondviselésének köszönhetően menekült meg a golyó általi haláltól.A háborús üldöztetés és az azt követő ötvenes évek diktatúrájának minden nyomorúsága lelkileg nem hogy nem ártott, de hitében tovább erősítette a közösséget és az üdvözülni vágyó emberek számának jelentős gyarapodását eredményezte.1955-ben Budapesten akkor már négy helyen volt imaház. Központi imaház az Almássy tér 8. szám alatt, a többi Csepelen, Pesterzsébeten és a XXII. kerületi Baross Gábor telepen.A virágzó gyülekezeti mozgalmat azonban a vezetők megosztottsága, rivalizálása nagyon nehéz helyzetbe juttatta. Több, egymást követő egyházszakadás (1955-62-ig) következményeként sokan elhagyták a gyülekezetet és elmentek más, főleg szabadegyházi közösségekbe.1958-tól annak megszűnéséig, a Szabadegyházak Tanácsának (SZET) tagegyháza voltunk.A hetvenes évek elejétől 1999-ig Csizmadia Dániel testvér vezette a közösséget. Mellette e korszak vezető munkásai voltak többek között még Nagy Lajos és a Bacsó testvérek.1992-óta a Magyar Bibliatársulat Alapítvány tagjaként segítjük a bibliakiadás ügyét.
1995-től az Evangéliumi Szabadegyházak Szövetségének (ESZSZÖV) egyik alapító tagja vagyunk.Felismerve a megújulás szükségességét, 2000-ben új imaház építésébe kezdtünk Csepelen, amit 2003-ban a Jó Isten kegyelméből (állami céltámogatás igénybevétele nélkül) be is fejeztünk.Hálát adunk a Jó Istennek gyülekezetünk irányába kifejtett közel egy évszázados segítségéért, gondviseléséért. Erőt merítve Igéjéből és áldásának sokaságából, Jézus Krisztust kérjük, hogy újítson meg bennünket. Tegyen méltóvá arra, hogy hiteles bizonyságtevői lehessünk az ő dicsőségére és embertársaink javára.