Az intézmény létrejöttében Koppenbachi Vilmos pécsi püspök szerepe kulcsfontosságú volt, amely az intézmény székhelyének kiválasztásában is egyértelműen megmutatkozott. A pfalzi származású klerikus 1358-tól állt I. Lajos király szolgálatában: az uralkodó diplomatája, tanácsosa, titkos kancellárja és kápolnaispánja (1358–1374). Egyházi pályafutása során bergzaberni plébános, csázmai, majd egri prépost, végül pedig pécsi püspök (1361–1374) volt.

Az alapítás hátterében elsősorban a királyi diplomáciában résztvevőkkel szemben támasztott igény állt, miszerint a tárgyalásokhoz nélkülözhetetlen egyházjogi képzettséggel rendelkezzenek. Vilmos püspök titkos kancellárként és kápolnaispánként a királyi diplomáciai testületet irányította, következésképpen ő ismerhette fel leginkább a hazai egyetemmel járó előnyöket. Természetesen az uralkodó hozzájárulása is szükséges volt, azonban a király szerepvállalása mindössze a hivatalos szentszéki eljárás során szükséges formai követelménynek tekinthető. A főpap kezdeményező szerepét mind a székhely kiválasztása, mind pedig a professzorok javadalmazásában vállalt szerepe alátámasztja.

A pécsi studium generale a padovai egyetem felépítését vette át. Élén a mindenkori püspök állt kancellárként. Az ő kezében összpontosult a tulajdonképpeni hatalom, így ő gyakorolt joghatóságot a diákok és a professzorok felett, s ugyancsak ő kormányozta az intézményt. A sikeres vizsgát követően a kancellár adományozta az akadémiai fokozatokat a jelölteknek.

A középkori pécsi egyetem működését megkísérelték többen egészen a 15. század derekáig, végéig, hovatovább néhányan egészen 1543-ig kiterjeszteni. Bizonyosnak látszik azonban, hogy az erősen Vilmos püspök személyéhez kötődő pécsi studium generale az alapító halálát követően hanyatlásnak indult. Legtekintélyesebb professzora, Galvano di Bologna elhagyta Pécset, 1374-től már ismét Itáliában tanított. Alsáni Bálint püspök még betöltötte a kancellári hivatalt, azonban vélhetőleg püspöksége idején szűnt meg az intézmény működése, az 1390-es években. Biztosan nem működött már universitas Pécsett az óbudai egyetem alapítása idején (1395).

Az 1967-ben kezdődött Székesegyház körüli ásatások az Aranyos Mária-kápolnával együtt feltártak egy épületet a várfal és a Székesegyház között, amely a 11-14. század között a pécsi püspökök palotája volt. Ezt utoljára a 14. század második felében építették át. A Gerő Győző és G. Sándor Mária által vezetett ásatások során a püspök címerének előkerülése megerősítette, hogy az építtető személye az egyetemalapításban fontos szerepet játszó Vilmos püspök volt, aki feltehetően az egyetem létrehozása kapcsán alakíttatta át a korábbi palotát.